Centrum Badań DNA zrealizowało program wspierania naukowców na darmowe wykonanie badań w oparciu o technologię sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Spośród ponad 40 zgłoszeń wyłoniono 9 projektów którym Centrum zasponsorowało wykonanie kluczowych i najkosztowniejszych analiz genetycznych. Wszystkie projekty zakończyły się sukcesem a ich wyniki zostaną opublikowane w renomowanych indeksowanych czasopismach z listy filadelfijskiej.

Poniżej wykaz projektów zrealizowanych w ubiegłym roku.

1) Dr inż. Aneta Białkowska

Instytut Biochemii Technicznej, Politechnika Łódzka

Sekwencjonowanie genomu drożdży antartkycznych

Zsekwencjonowanie genomu szczepu drożdży antarktycznych, wytypowanego w testach selekcyjnych jako interesującego producenta poszukiwanych aktywności enzymatycznych, celem rozpoznania ważnych elementów genetycznych niezbędnych do uzyskania aktywnego biokatalizatora, w tym np. sekwencji promotorowych,  sygnalnych, sekwencji enzymów, w tym np. oksydoreduktaz, które odgrywają coraz większą rolę w biotransformacjach prowadzonych w środowiskach rozpuszczalników organicznych. Zamysłem projektu jest znalezienie nowych, tanich technologii, które pozwolą na wydajną produkcję dóbr i towarów o niskich cenach i konkurencyjnej jakości poprzez zastosowanie enzymów izolowanych z drożdży psychrofilnych.

2) Dr Krystyna Dąbrowska

Laboratorium Bakteriofagowe

Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław

Sekwencjonowanie bakteriofagów

Znalezienie  bakteriofagów (wirusów bakteryjnych) zabijających bakterie paciorkowca (Streptococcus sp.). Ze względu na trudności w metodyce hodowli bakterii Streptococcus sp.i izolacji specyficznych  dla  nich  fagów,  są  one  dużą  rzadkością  w  kolekcjach  mikrobiologicznych.  Projekt ma na celu poznanie większej liczby sekwencji genomowych wirusów należących do grupy niszczącej bakterie paciorkowca (Streptococcus sp.).

3) Dr Tomasz Gosiewski

Katedra Mikrobiologii UJ CM, Kraków

Metagenomika - sekwencjonowanie regionu V3-V4 genu 16S rRNA

Kluczową rolę w diagnostyce sepsy odgrywa określenie czynnika etiologicznego zakażenia. Celem badania jest wykonanie sekwencjonowania NGS metagenomicznego 16S RNA, aby sprawdzić  możliwość  detekcji  szerokiego  spektrum  taksonomicznego  bakterii  obecnych  w  próbkach  DNA wyizolowanych z krwi od pacjentów z klinicznymi objawami sepsy. Określenie składu mikrobiologicznego jest istotne  dla  postawienia  właściwej  diagnozy,  sklasyfikowania  stopnia  ciężkości  sepsy  i wdrożenia celowanej antybiotykoterapii.

4) Prof. dr hab. Jędrzej M. Jaśkowski

Instytut Weterynarii, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu

Metagenomika - sekwencjonowanie regionu V3-V4 genu 16S rRNA

Celem badania jest metagenomowa analiza flory mikrobiologicznej u jeleni szlachetnych oraz bydła mlecznego ze szczególnym uwzględnieniem koinfekcji towarzyszącym zakażeniu P. multocida.   Zadaniem projektu jest także określenie ryzyka przeniesienia zakażenia ze zwierząt dzikich na okoliczne zwierzęta hodowlane  (zwłaszcza bydło mleczne), co ma swoje konsekwencje w znaczących startach ekonomicznych dla hodowców.

5) Dr Anna Misiewicz

Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego 

Sekwencjonowanie amplikonów

Szeroko stosowane w przemyśle drożdże Saccharomyces reprezentują naturę poliploidalną. Wysoka zmienność genomowa utrudnia standardową identyfikację. Głównym celem jest poznanie charakterystyki genetycznej szczepów drożdży przemysłowych poprzez zsekwencjonowanie wybranych genów 20 szczepów drożdży miodowych oraz winiarskich. W badaniach uwzględniono geny, które wpływają na właściwości biotechnologiczne drożdży. Przyszłościowo, ułatwi to wykorzystanie otrzymanych wyników w praktyce technologicznej.

6) Dr hab. n. med. Ilona Bednarek

Zakład Biotechnologii i Inżynierii Genetycznej, Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach

Sekwencjonowanie plasmidów

Projekt badawczy zakłada wykorzystanie technik molekularnych, przy zastosowaniu sekwencjonowania nowej generacji NGS, do stworzenia profilu genetycznego populacji osadu czynnego oraz opracowania markerów molekularnych wczesnych etapów procesu puchnięcia. Istotnym i innowacyjnym elementem planowanego projektu jest opracowanie narzędzia molekularnego pozwalającego weryfikować stan złożonego ekosystemu osadu czynnego bez konieczności izolowania poszczególnych gatunków drobnoustrojów i prowadzenia ich hodowli w laboratorium mikrobiologicznym.

7) Dr n. wet. Anna Szczerba-Turek                                                               

Katedra Epizootiologii, Wydział Medycyny Weterynaryjnej

Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie

Sekwencjonowanie genomu wirusa BPV-1

Celem niniejszego projektu jest zsekwencjonowanie całego genomu BPV-1, należącego do rodziny Papillomaviridae, tej samej, do której należą ludzkie wirusy brodawczaka - HPV (human papillomavirus), powszechnie znane ze swoich zdolności do nowotworzenia - rak szyjki macicy, prącia, odbytu, jamy ustnej, gardła. Można wnioskować, iż wybrany genom powinien być nowym, nieopublikowanym jeszcze w NCBI wariantem genomu BPV-1 EqSarc.

8) Prof. UAM dr hab Joanna Wesoły

Pracownia Technologii Wysokoprzepustowych, IBMiB, Wydział Biologii, UAM Poznań

Sekwencjonowanie exomów

Transplantacja nerki jest "nadzieją na drugie życie" dla pacjentów ze schyłkową niewydolnością nerek. Projekt ma na celu rozpoznanie profilu genetycznej „predyspozycji do przewlekłego odrzucenia” poprzez zsekwencjonowanie całej sekwencji kodującej (exomów) pacjentów poddanych transplantacji nerki i ich donorów, a następnie wyłonienie istotnych zmian nukleotydowych jako predyktorów przeżywalności transplantatu.

9) Prof. UAM dr hab Joanna Wesoły

Pracownia Technologii Wysokoprzepustowych, IBMiB, Wydział Biologii, UAM Poznań

Sekwencjonowanie amplikonów

Rak nerki to stosunkowo częsty nowotwór, występujący u ok. 2% populacji ludzkiej i powodujący rocznie śmierć ok. 300 000 osób na całym świecie. Około 80% przypadków tej choroby klasyfikowanych jest jako rak jasnokomórkowy nerki (ang. clear cell renal cell carcinoma, ccRCC). Celem projektu jest zidentyfikowanie i określenie poziomu mutacji w najczęściej zmutowanych genach wśród pacjentów z ccRCC, wywodzących się z populacji polskiej oraz w kolejnym etapie określenie częstości występowania mutacji germinalnych w badanej grupie.